内蒙古银行前身为成立于1999年11月19日的呼和浩特市商业银行，是经中国人民银行批准成立的国有相对控股的股份制商业银行。
2017年年底，内蒙古银行机构总数达129个，覆盖自治区8个盟市，包括总行机关、10家分行（含营业部）、2家直属支行、115家支行和1家小企业金融服务中心。其中，区外在哈尔滨设1家分行；区内设9家分行，分别是呼伦贝尔分行、兴安盟分行、通辽分行、锡林郭勒分行、乌兰察布分行、包头分行、乌海分行、呼市分行和总行营业部。在旗县设立的机构数为19个。并在河北、贵州、吉林、辽宁、山西、山东、江苏、深圳等省市主发起设立蒙银村镇银行31家，立足首府、覆盖全区、辐射区外的机构体系已经初步形成。2009年9月8日经中国银行业监督管理委员会批准，呼和浩特市商业银行股份有限公司正式更名为内蒙古银行股份有限公司（简称内蒙古银行），并获准跨区域经营。2013年9月内蒙古银行获批设立博士后科研工作站。
